Agents of the Matrix kjørte Neo i en felle, og nå må han ta kampen. I Mr One Punch vil du hjelpe ham med å beseire alle rivaler og unnslippe forfølgelsen. Karakteren din vil være synlig på skjermen foran deg, som vil være på et bestemt sted. Agenter vil angripe ham fra alle kanter. Ved å bruke ferdighetene til helten i forskjellige stiler av hånd-til-hånd-kamp, må du slå på dem. Siden det er mange motstandere, prøv å slå dem ut med ett slag. Hver fiende du beseirer i Mr One Punch vil gi deg poeng.