En hær av de levende døde invaderte planteriket. Når den beveger seg langs veien mot hovedstaden, ødelegger den alt som er på vei. I Plants vs Zombies TD vil du styre forsvaret av hovedstaden. Et bestemt område vil være synlig på skjermen foran deg. Du må identifisere strategisk viktige steder. Etter det, ved hjelp av et spesielt kontrollpanel, vil du bygge defensive strukturer på disse stedene, samt heve blomstersoldater. Når zombier kommer nær dem, vil plantene dine åpne ild og ødelegge fienden. For hver zombie som blir drept, får du poeng.