Å redde jorden i spillområdet fra en fremmed invasjon er betrodd en ti år gammel gutt som heter Ben, og du vil hjelpe ham så mye du kan. Akkurat nå i Ben 10 Super Run Fast trenger han din hjelp. Det har kommet signaler om at uventede gjester fra andre galakser har dukket opp flere steder samtidig. Det er nødvendig å finne dem og nøytralisere dem hvis de utgjør en trussel. Sammen med helten vil du løpe gjennom jungelen, flere øyer i havet og til og med gjennom Bens hjemby Bellwood. Å være i tid overalt. Vi må løpe og hoppe. Vær forsiktig, romvesenene etterlot stygge overraskelser som eksploderer i Ben 10 Super Run Fast.