Den unge fyren Naruto regnes som en av de beste hånd-til-hånd-stridende. Ofte hjelper helten vår i kamper mot de mørke ninjaordrene. Så i dag må han fullføre en rekke oppdrag, og i spillet Naruto Ninja Council vil du hjelpe ham i dette. Foran deg på skjermen vil du se karakteren din, som vil være i et bestemt område. Ved å bruke kontrolltastene får du helten din til å bevege seg fremover. På vei vil komme over hindringer og feller, som Naruto må omgå eller hoppe over i fart. Så snart du møter fienden, begynner kampen. Du må slå fienden med slag og spark, samt utføre teknikker. Din oppgave er å slå ut motstanderen din og få poeng for det.