Et fremmed skip har landet i nærheten av gården der sauen Shawn bor. Sean var i stand til å få venner med dem, og nå bestemte de seg for å arrangere en felles løpekonkurranse. I spillet Shaun the Sheep Alien Athletics, vil du hjelpe Shaun the Sheep til å beseire dem. Foran deg på skjermen vil du se veien langs som Sean vil løpe gradvis få fart. Du må se nøye på skjermen. På veien til helten vår vil hindringer i forskjellige høyder vente. Når helten din vil løpe opp mot dette hinderet, må du klikke på skjermen med musen. Da vil Sean hoppe og fly gjennom luften over hinderet. Noen ganger på veien vil det være forskjellige nyttige ting som lammet ditt må samle på.