En ung fyr som heter Jack etter akademiet, fikk jobb i en veterinærklinikk. I dag har fyren sin første dag på jobben, og i spillet My Pet Vet Hospital vil du hjelpe ham med å utføre sine plikter. Foran deg på skjermen vil det være et legevakt på klinikken, som vil bli fylt med forskjellige typer dyr. Du kan klikke på en av dem. Etter det vil dette dyret være på kontoret ditt. Først og fremst må du undersøke ham og diagnostisere sykdommene hans. Da kan du starte behandlingen. For å gjøre dette, vil du bruke forskjellige typer medisinske instrumenter og medisiner. Det er hjelp i spillet som vil fortelle deg i hvilken rekkefølge du må utføre handlingene dine. Når du er ferdig vil dyret være sunt, og du kan begynne å behandle en annen pasient.