I en verden der intelligente dyr lever, har et nytt sykehus åpnet i hovedstaden. Det ledes av en snill pandalege som heter Tom. I dag har han en mottakelse, og du i spillet Best Doctor In Animal World vil hjelpe ham med å gjøre jobben sin. En sal der besøkende vil være, vil bli sett på skjermen foran deg. Velg den første pasienten med et museklikk, så er han på kontoret ditt. Først og fremst, ved å bruke forskjellige medisinske instrumenter, må du undersøke pasienten for å kunne diagnostisere ham. Hvis du har noen problemer med dette, er det en hjelp i spillet som viser deg rekkefølgen av dine handlinger. Etter å ha stilt en diagnose, vil du gjennomføre et behandlingsforløp ved hjelp av medisiner. Når du er ferdig vil pasienten bli helt frisk igjen, og du kan gå videre til neste besøkende.