Den hemmelige agenten Joni fikk ordre om å infiltrere forskjellige fiendens militære installasjoner og stjele hemmelige utviklingen derfra. Du i spillet Johnny Megatone må hjelpe vår helt i disse eventyrene. Helten din må gjennom forskjellige steder. På vei vil bli lokalisert forskjellige feller og hindringer. Ved hjelp av kontrolltastene må du tvinge helten din til å hoppe over en del av fellene, eller tvinge ham til å omgå dem. Hvis du møter en fiende, vil du delta i kampen med dem og ødelegge den.