Ben 10 er ikke fremmed for ankomsten til en annen gruppe romvesener som ønsker å baktale jordboer. Men denne gangen i Ben 10 Omnitrix Shadow ble ting mye mer alvorlig. Utlendingene ble ledet av en ridder i svart rustning, han lanserte en strøm av energi inn i Ben, og infiserte fyren med mørk energi. Da dro inntrengerne raskt. Et mørkt virus har lagt seg i helten, som over tid vil gjøre ham til et ondt monster, som alle de som er i omnitrixen. For å fikse situasjonen og bli kvitt viruset, må du finne de tre skurkene og ødelegge dem. Hjelp karakteren til å bli seg selv igjen og forhindre transformasjonen.