Brave Ninja Kyoto mottok oppgaver fra lederen av sin bestilling, og du i spillet Super Ninja Hero må hjelpe ham med å fullføre den. Din helt må komme inn i en aristokrates slott gjennom fangehullet og stjele viktige dokumenter derfra. Alt fangehullet vil være et kontinuerlig hindringskurs. Du kontrollerer helt din helt må overvinne dem alle. Også din helt må kjempe med ulike monstre og soldater av beskyttelse, som er i denne labyrinten. På vei må du samle ulike gjenstander og våpen spredt overalt.